在配置流動相時，應避免以下壞習慣，這些習慣可能會導致液相色譜系統污染：
1. 在添加有機相后測量流動相的pH值：在水溶液中，pH值被校準以提供正確的pH值。如果你用添加了有機相的水溶液來測量pH值，pH值就會與有機相添加前的pH值不同。
2. 不使用緩沖鹽：緩沖鹽的加入是用來控制和修正流動相中PH值的改變的。樣品基質、空氣中的CO2、水中的雜質都會造成流動相PH值的改變，而PH值的改變會影響樣品的保留、峰形、峰面積參數。
3. 沒有在正確的緩沖區間使用緩沖鹽：每個緩沖鹽都有一定的緩沖范圍，在此范圍內它提供了最佳的pH穩定性。在這個范圍外，緩沖鹽在抵抗pH值變化方面是無效的。所以要么在正確的范圍內使用緩沖鹽，要么選擇一個緩沖范圍覆蓋所需pH值的緩沖鹽。
4. 向有機相中加入緩沖鹽：如果將水相的緩沖溶液加入到有機相中，會大大增加緩沖鹽析出的風險。緩沖鹽的析出在初期可能并不明顯，但會對儀器的各個部件都會產生一定影響。
5. 梯度洗脫時直接用泵去混合流動相并且流動相比例從0%開始：現在的液相色譜能夠非常高效的進行在線脫氣和流動相混合。但是將梯度洗脫比例從0%開始，會有比較大的出現氣泡和沉淀的風險。
6. 沒有使用正確的pH值修飾酸或堿作為緩沖液：緩沖溶液的修飾酸或堿，只使用生成緩沖鹽的酸或堿。例如，磷酸鈉緩沖液只能用磷酸或氫氧化鈉調節。
7. 沒有在方法中說明緩沖液的全部信息：例如只在方法中寫“稱5克磷酸鈉溶入1000毫升水”。緩沖鹽的類型決定其pH緩沖范圍，而緩沖鹽中所需物質的濃度決定了緩沖強度。例如:5g的無水磷酸鈉和5g的一水磷酸鈉具有不同的緩沖強度，會影響保留率。
8. 使用儀器時不調查之前使用的流動相情況，直接用純有機溶劑沖系統：如果之前的方法在B通道使用緩沖溶液，而這次沒有經過調查就直接在B通道使用了純的有機溶劑，那么就會造成該通道緩沖鹽析出、出現堵塞等風險。
9. 將溶劑瓶中的流動相用干為止：溶劑瓶中的流動相如果用干，會導致儀器中出現氣泡等問題。
10. 僅使用超聲來給流動相脫氣：超聲脫氣有一定的脫氣作用，但完全脫氣的效果并不理想。所以在此建議使用真空脫氣機進行在線脫氣。
